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首都医科大学是北京市人民政府、国家卫生健康委员会、教育部共建院校，是北京市重点高等院校，京港大学联盟、北京卓越医学人才培养高校联盟创始成员。入选国家首批“卓越医生教育培养计划”试点高校、国内政府奖学金来华留学生接收院校、国家建设高水平大学公派研究生项目、国家“特色重点学科项目”建设高校、国家生命科学与技术人才培养基地、脑重大疾病防治省部共建协同创新中心依托高校等名单。